กรุงสุโขทัย มีอำนาจปกครองเหนือดินแดนนครศรีธรรมราช และหัวเมืองต่างๆทางคาบสมุทรมลายูเพียง 98 ปีก็สูญเสียเอราชให้แก่อาณาจักรกรุงศรีอยุธยา เมื่อปีพ.ศ. 1921ในรัชสมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 1 (ขุนหลวงพะงั่ว) แห่งกรุงศรีอยุธยา ภูเก็จได้ตกเป็นเมืองขึ้นของกรุงศรีอยุธยาเช่นเดียวกับเมืองอื่นๆ ในสมัยอยุธยาชื่อภูเก็ต ยังมิได้ปรากฏขึ้นในทางราชการไทยมีแต่เพียงชื่อ เกาะถลาง เมืองถลางเท่านั้น แต่เอกสารหลักฐานบางฉบับเรียกว่า เกาะภูเก็ต เมืองภูเก็ต เกาะแห่งนี้ชาวต่างประเทศรู้จักกันในชื่อ จังซีลอน หรือ อุยังซาลอน ชาวต่างประเทศได้เดินทางเข้ามาในภูเก็ตมากในสมัยนี้ ส่วนมากจะเป็นการค้าขายสินค้าต่างๆแลกกับแร่ดับุกและของป่านานาประเภท รวมทั้งทรัพยากรทางทะเลเช่น อำพันทอง ไข่มุก เป็นต้น ชาวต่างประเทศพวกนั้นได้แก่

ชาวต่างชาติ

ชาวจีน ชาวจีนได้เข้ามายังเกาะถลางเมื่อใดไม่ปรากฏแน่ชัด แต่มีการสันนิษฐานว่าเข้ามาในยุคอาณาจักรตามพรลิงก์ ดินแดนคาบสมุทรมลายูเป็นศูนย์กลางของการติดต่อค้าชายระหว่างจีนและอินเดีย คนจีนอาจจะรู้จักถลางในสมัยนั้น และยังคงเดินทางแสวงโชคในการค้าขายกับชาวพื้นเมืองจนตกลงใจตั้งรกรากอยู่ที่เมืองนี้ เป็นชนวนให้ญาติมิตรทางจีนค่อยๆเดินทางมาสมทบเพิ่มขึ้นเป็นลำดับ ดังที่ เจรินีได้เขียนไว้ว่า เมื่อเมืองถลางสิ้นสุดเจ้าเมืองฝรั่งชาวยุโรปลงแล้ว ชาวจีนก็ได้เป็นเจ้าเมืองแทนในช่วง 30 ปี หลังจากสมเด็จพระนารายณ์มหาราชเสด็จสวรรคตแล้วในพ.ศ. 2231 คือประมาณพ.ศ. 2261 เป็นต้นมา จนกระทั่งถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ปรากฏว่าคนจีนได้ร่วมทำการค้าแร่ดีบุกกับท้าวเทพกระษัตรีมีถึงกัปตันฟรานซิส ไลท์ ก็ระบุถีงชาวจีนที่คุมแร่ดีบุกจากถลางไปยังปีนัง

ชาวโปรตุเกส ชาวโปรตุเกสได้เข้ามาสู่กรุงศรีอยุธยาเมื่อ พ.ศ. 2054 ในรัชสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2ดังมีจดหมายเหตุของฝรั่งเศสที่ลงวันที่ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2229 ที่ว่า"...แต่ไหนแต่ไรมา ไม่เคยมีนักพรตของศาสนามาอยู่ในเมืองนี้เลย เว้นแต่มิชชั่นนารี ชาวโปรตุเกสซึ่งได้เล่าเรียนในโรงเรียนของเราที่กรุงศรีอยุธยาคนเดียวเท่านั้น มิชชั่นนารีคนนี้ได้มาอยู่เมืองภูเก็ตได้ 3 ปีแล้วและได้กลับไปเย 15 ปีมาแล้ว..." แสดงว่ามีชาวโปรตุเกสในภูเก็ตเพียงคนเดียว แต่เชื้อสายของชาวโปรตุเกสยังคงมีอยู่ในเมืองถลาง ตั้งแต่สมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2แห่งกรุงศรีอยุธยาพ.ศ. 2054 จนถึงกรุงรัตนโกสินทร์พ.ศ. 2452 ผสมกลมกลืนจนกลายเป็นคนไทยในที่สุด

ชาวฮอลันดา ประมาณ พ.ศ. 2146 ในรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช บริษัท วี.โอ.ซี.ของชาวฮอลันดาได้เข้ามาสู่ประเทศไทย โดยมาตั้งสถานีการค้าที่เมืองปัตตานีก่อนแล้วส่งทูตไปเข้าเฝ้าสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในพ.ศ. 2147 เป็นผลให้ได้เปิดสถานีการค้าขึ้นที่กรุงศรีอยุธยา นครศรีธรรมราช สงขลา ปัตตานี ไทรบุรี และภูเก็ต (ถลาง) สินค้าที่ชาวฮอลันดาต้องการ ได้แก่ ไม้ฝาง หนังสัตว์ ขี้ผึ้ง น้ำตาล รังนก ไม้กฤษณา และดีบุก

การซื้อแร่ดีบุกของชาวฮอลันดาในภูเก็ตครั้งนั้น เป็นไปอย่างขาดความเป็นธรรม จึงถูกชาวภูเก็ตและชาวมลายูทำการต่อต้านโดยเผาสถานีสินค้าและฆ่าฟันชาวฮอลันดาตายหมดสิ้น เป็นผลให้ชาวฮอลันดาต้องออกจากเกาะภูเก็ตไป

ชาวอังกฤษ ชาวอังกฤษได้เข้ามายังกรุงศรีอยุธยาครั้งแรกเมื่อประมาณ พ.ศ. 2160 ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรมแห่งกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏว่าได้มาทำการค้าที่เมืองถลางแต่ประการใด คงทำการค้าอยู่ในกรุงศรีอยุธยา แล้วไม่ประสบความสำเร็จ เนื่องจากถูกกีดกันจากชาวญี่ปุ่นและชาวฮอลันดา ประกอบกับเจ้าหน้าที่ในบริษัทการค้าของอังกฤษที่กรุงศรีอยุทธยาทุจริตต่อบริษัทจนทำให้ขาดทุนอย่างมากจึงต้องล้มเลิกไปเมื่อพ.ศ. 2165

อังกฤษกลับเข้ามาค้าขายในกรุงศรีอยุธยาอีกครั้งหนึ่งในพ.ศ. 2227 แต่อังกฤษก็ไม่ได้เข้ามาซื้อขายแร่ดีบุกในเกาะถลาง เนื่องจากเกาะถลางมีเจ้าเมืองเป็นชาวฝรั่งเศสชื่อ เรเน ชาร์บอนโน (Rene Charbonneau) ซึ่งได้รับแต่งตั้งจากสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ให้เป็นเจ้าเมืองถลางตั้งแต่พ.ศ. 2224 การค้าแร่ดีบุกบนเกาะถลาง จึงอยู่ภายใต้ฝรั่งเศส อังกฤษได้รับอนุญาตให้ชื้อแร่ดีบุกที่เมืองไชยา ชุมพร และพัทลุง

อังกฤษกลับมามีบทบาทสำคัญในเมืองถลางอีกครั้งหนึ่ง เมื่อกัปตันฟรานซิส ไลต์ได้เข้ามาตั้งสถานีการค้าขึ้นที่บ้านท่าเรือในสมัยกรุงธนบุรีคือเมื่อพ.ศ. 2315 ในช่วงที่เมืองถลางรู้จักกันอย่างแพร่หลายแล้ว

ชาวฝรั่งเศสชาวฝรั่งเศสเข้ามาสู่กรุงศรีอยุธยาเมื่อพ.ศ. 2216 ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งเป็นผลให้กรุงศรีอยุธยาแต่งตั้งชาวฝรั่งเศสชื่อ เรเน ชาร์บอนโน (Rene Charbonneau) มาเป็นเจ้าเมืองถลางระหว่างพ.ศ. 2224 - พ.ศ. 2228 และแต่งตั้ง มองซิเออร์ บิลลี่ (Sieur de Billi) เป็นเจ้าเมืองต่อจากชาร์บอนโนจนสิ้นสุดรัชกาลของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช

ครั้นสมเด็จพระเพทราชาขึ้นครองราชสมบัติ กรุงศรีอยุธยาได้เป็นปริปักษ์ต่อฝรั่งเศสอย่างรุนแรงเป็นเหตุให้นายทหารฝรั่งเศสชื่อ นายพลเดฟาสจ์ (Desfarges) นำกำลังเรือรบจำนวน 4 ลำ มายึดเกาะถลางระหว่างพ.ศ. 2231 - พ.ศ. 2232 ปรากฏรายละเอียด อยู่ในเอกสารทั้งจดหมายเหตุฝ่ายฝรั่งและฝ่ายไทย

เหตุการณ์สำคัญในภูเก็ต สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย

เจ้าเมืองถลางถูกประหารชีวิต

เกิดขึ้นในตอนปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา รัชสมัยสมเด็จพระเพทราชา มีเจ้าเมืองถลางคนหนึ่งชื่อ พระยาสุรินทราชา (จอมสุริน) เจ้าเมืองผู้นี้ตั้งเมืองอยู่ที่บ้านลี้พอนคือ บ้านลิพอนในปัจจุบัน พงศาวดารเมืองถลาง ในประชุมพงศาวดารหอสมุดแห่งชาติได้กล่าวถึงคำให้การของชาวถลางเมื่อ พ.ศ. 2384 ได้ให้ความย้อนหลังขึ้นไปในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลายคือเหตุการณ์ครั้งนั้นคงเกิดขึ้นประมาณพ.ศ. 2233 หรือ พ.ศ. 2234 ซึ่งอยู่ในรัชสมัยของพระเพทราชาและทรงทำการปราบชาวฝรั่งเศสและผู้เอาใจฝรั่งเศสอย่างรุนแรง พงศาวดารเมืองกล่าวว่า"...ฝ่ายบ้านลี้พอนจอมสุรินคิดมิชอบ จะตั้งตัวเป็นใหญ่ มีตราออกมาให้จับจอมสุรินฆ่าเสีย เพราะเป็นโทษขบถต่อแผ่นดินสิ้นเชื้อผู้ดีเมืองถลางว่าง พระยาถลางคางเซ้ง ชาวกรุงออกมาเป็นเจ้าเมือง..."

เจรินี ได้กล่าวไว้ในหนังสือ"เค้าเงื่อนประวัติศาสตร์ถลาง" (Historical Retrospect of Junkceylon Island) ว่า หลังจากฝรั่งเศสได้รับการแต่งตั้งจากกรุงศรีอยุธยา 2 คน ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช การเปลี่ยนแปลงของประเทศไทยในระยะต่อมาก็ได้ชาวจีนได้รับการแต่งตั้งมาเป็นเจ้าเมืองถลาง เป็นข้อสันนิษฐานว่าน่าจะเป็น พระยาถลางคางเซ้งในคำให้การของชาวถลางในพงศาวดารถลาง ราชทินนามน่าจะเป็นพระยาสุรินทราชาตามยศและตำแหน่งเดิม แต่ชาวบ้านนิยมเรียกระบุชื่อเพื่อมิให้สับสน

ชาวถลางปล้นเรืออังกฤษ

เกิดขึ้นในปลายรัชสมัยของสมเด็จพระเจ้าเอกทัศซึ่งราชการบ้านเมืองในกรุงศรีอยุธยาอ่อนแอลง เนื่องจากการแย่งชิงราชบัลลังก์ระหว่างพระเจ้าเอกทัศกับสมเด็จพระเจ้าอุทุมพร และมีการสงครามระหว่างพม่าเข้ามาติดพันอีกด้วย ความระส่ำระสายในแผ่นดินจึงเกิดไปทั่ว ตามจดหมายเหตุชาวฝรั่งเศสชื่อ มองซิเออร์ บรีโกต์เขียนถึงผู้อำนวยการคณะต่างประเทศของฝรั่งเศส เมื่อวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2305 ความตอนหนึ่งว่า

เมืองแตร์แฟม (Terre Ferme) ในจดหมายฉบับนี้ เป็นภาษาฝรั่งเศสและแปลเป็นภาษาอังกฤษได้ว่า dry land, mainland, solid ground ซึ่งสัณนิฐานว่า น่าจะเป็นบ้านดอน หรือไม่ก็เป็นตัวเมืองภูเก็ตในปัจจุบัน เพราะมีคลองสายใหญ่และลึกพอที่จะให้เรือเทียบท่าได้ เมืองภูเก็ตในฉบับนี้คือเมืองถลางทั้งหมด ส่วนเมืองโตยอง (Teyon) สันนิษฐานว่าคือ"บ้านตลาดนั่งยอง" ตำบลฉลองในปัจจุบัน ซึ่งสมัยก่อนมีคลองใหญ่และลึกเช่นเดียวกับบ้านท่าแครง

ตระกูลของท้าวเทพกระษัตรี (ปลายอาณาจักรกรุงศรีอยุธยา)

ท้าวเทพกระษัตรีเป็นบุตรีของจอมร้างบ้านเคียน เจ้าเมืองถลางในสมัยนั้น ซึ่งมีการเกี่ยวดองทางเครือญาติกับพระปลัด (หนู) เมืองนครศรีธรรมราช พงศาวดารได้กล่าวไว้ว่า เจ้าเมืองถลางจอมร้าง มีพี่ช่ยร่วมบิดาต่างมารดาอยู่คนหนึ่งชื่อ จอมเฒ่าบ้านดอน เป็นเจ้าเมืองถลางบ้านดอน สองพี่น้องมีความรักใคร่กลมเกลียวมาก จอมเฒ่ายังมีชื่อที่ชาวถลางเรียกขานไว้คือ จอมทองคำ จอม่ทองคำน่าจะเป็นชื่อจริงบเพราะมีบุตรชายชื่อ ทองพูน ได้เป็นพระยาถลางหลังจากเมืองถลางชนะศึกพม่า ปีพ.ศ. 2328 แล้ว

โดยประเพณีไทยโบราณนั้น เมื่อผู้ชายเข้าพิธีสมรส ก็จะต้องไปอยู่บ้านฝ่ายหญิง หม่อมศรีภักดีภูธรบุตรจอมนายกองเมืองตะกั่วทุ่งเมื่อเข้าพิธีสมรสกับคุณจัน (นามเดิมของท้าวเทพกระษัตรี) บุตรีจอมร้างบ้านตะเคียนเมืองถลาง จึงต้องมาอยู่บ้านของฝ่ายภรรยา ซึ่งเป็นการเหมาะสมเนื่องจากจะได้ช่วยราชการเมืองของจอมร้าง ในขณะที่สูงอายุ แต่มีเพียงบุตรีคนโตคือคุณจันเท่านั้นที่เป็นหัวเรี่ยวหัวแรงในการปกครองบ้านเมืองเพราะบุตรชายคือ คุณอาดและคุณเรืองยังอยู่ในวัยเด็กมาก ไม่อาจช่วยงานราชการได้ แต่หม่อมศรีภักดีภูธรบุญน้อย พอมีบุตรกับคุณจันได้ 2 คนคือ คุณปรางบุตรีและคุณเทียน หม่อมศรีภักดีถึงแก่กรรม คุณจันจึงตกเป็นพุ่มหม้าย

ขณะนั้นกรุงศรีอยุธยากำลังระส่ำระสายด้วยการผลัดแผ่นดินจากสมเด็จพระเจ้าบรมโกศเป็นพระเจ้าอุทุมพร แล้วเปลี่ยนเป็นพระเจ้าเอกทัศและกลับเปลี่ยนเป็นพระเจ้าอุทุมพรอีกครั้งหนึ่ง เพื่อทำการสู้ศึกกับพม่า ซึ่งยกทัพเข้ามาโจมตีกรุงศรีอยุธยายืดเยื้อติดต่อกันนับตั้งแต่พ.ศ. 2301 จนถึงพ.ศ. 2310 อันเป็นปีที่กรุงศรีอยุธยาล่มสลาย

ปัญหาในเมืองถลาง

พระยาพิมลขัน เจ้าเมืองกระบุรี ซึ่งมีบรรดาศักดิ์เพียงเป็นพระกระในครั้งนั้น หนีศึกพม่าลงมาเข้ากับเจ้านครศรีธรรมราชคนใหม่ เจ้านครฯจึงส่งให้มาช่วยราชการเมืองถลางแทนหม่อมศรีภักดีที่ถึงแก่อนิจกรรมลง โดยตอนนั้นคุณหญิงจันตกเป็นพุ่มหม้าย พระกระได้รับสถาปนาขึ้นเป็นพระยาพิมลอัยา (ขัน) และได้สมรสกับคุณหญิงจันในเวลาต่อมา (พ.ศ. 2314)

เมื่อสิ้นบุญจอมร้างบ้านเคียน ก็เกิดปัญหาเรื่องมรดกในเมืองถลาง ว่าผู้ใดควรจะได้สืบทายาทความเป็นเจ้าเมืองต่อไป พระยาพิมลขันว่าที่สามีคุณหญิงจันซึ่งได้ช่วยราชการมานานพอควรและสูงด้วยวัยวุฒิ สมควรแก่เจ้าเมืองถลางในครั้งนั้น แต่เนื่องจากไม่ใช่ทายาทสายตรงของจอมร้าง ซึ่งมีบุตรชาย 2 คน และมีหลานชายคือ คุณเทียน ผู้มีสายสกุลของหม่อมศรีภักดี สายสกุลเมืองนคร คุณหญิงจันไม่ยอมให้มรดกเมืองถลางตกอยู่กับพระยาพิมลว่าที่สามีใหม่ เพราะเกรงข้อครหาที่ว่าหลงใหลว่าที่สามียิ่งกว่าน้องชายร่วมสายโลหิตเดียวกันคือ คุณอาด และคุณเรือง เป็นเหตุให้พระยาพิมลขันเกิดความน้อยใจจึงแยกตัวจากถลางไปยังนครศรีธรรมราชอีกครั้ง และได้ย้ายไปยังเมืองพัทลุง

คุณอาด บุตรจอมร้าง ผู้เป็นน้องชายของคุญหญิงจันก็ได้รับการยกย่องขึ้นเป็นเจ้าเมือง ชาวบ้านเรียกว่า"พระยาถลาง (อาด)" ส่วนน้องชายที่ชื่อเรือง ก็ได้เป็นพระพลจางวานด่าน (เรือง)ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยเจ้าเมืองถลาง แต่ว่าราชการไม่นานถูกโจรยิงเสียชีวิต โจรสลัดแขกชาวไทรบุรีได้บุกเข้ายึดเมืองถลางไว้ระยะหนึ่งแต่ชาวถลางเชื้อสายไทยไม่ยอมอยู่ใต้อำนาจแขกไทรบุรี จึงทำการส้องสุมกำลังไว้ที่บ้านสาคูและบ้านไม้ขาว และยึดเมืองคินมาได้สำเร็จภายในคืนเดียว ซึ่งเป็นคืนวันสารทของชาวถลาง มีการชุมนุม แห่กระจาดพืชพันธุ์ผลไม้ และอาหารแห้งไปทำบุญ โดยซ่อนอาวุธในกระจาดและภาพสัตว์ต่างๆ รวมกำลังกันจู่โจมที่พักเจ้าเมืองชาวไทรบุรี ฝ่ายแขกตั้งตัวไม่ทันจึงเร่งรีบลงเรือหนีไป การขับไล่แขกมลายูครั้งนี้ พระยายกบัตร (ชู) เป็นหัวเรี่ยวหัวแรงใหญ่ในครั้งนี้ จึงได้รับแต่งตั้งจากเจ้านครศรีธรรมราชที่แข็งเมืองต่อกรุงศรีอยุธยาให้เป็นเจ้าเมืองถลาง ชื่อว่า"พระยาถลาง (ชู)"